液相色譜它的基本概念及理論基礎（如保留值、塔板理論、速率理論、容量因子、分離度等），與氣相色譜是一致的，但又有不同之處。
液相色譜與氣相色譜的區別可歸結于進樣方式的不同、流動相的不同等，如下：
1、進樣方式的不同：液相色譜只要將樣品制成溶液，而氣相色譜需加熱氣化或裂解
2、流動相的不同，在被測組分與流動相之間、流動相與固定相之間都存在著一定的相互作用力
3、由于液體的粘度較氣體大兩個數量級，使被測組分在液體流動相中的擴散系數比在氣體流動相中約小4~5個數量級
4、由于流動相的化學成分可進行廣泛選擇，并可配置成二元或多元體系，滿足梯度洗脫的需要，因而提高了液相色譜的分辨率（柱效能）
5、液相色譜采用5~10Lm細顆粒固定相，使流體相在色譜柱上滲透性大大縮小，流動阻力增大，必須借助高壓泵輸送流動相
6、液相色譜是在液相中進行，對被測組分的檢測，通常采用靈敏的濕法光度檢測器，例如，紫外光度檢測器、示差折光檢測器、熒光光度檢測器等
7、液相色譜與氣相色譜相比較，液相色譜同樣具有高靈敏度、能和高速度的特點
液相色譜與氣相色譜有區別，也有相同點，液相色譜的定性和定量分析，與氣相色譜分析相似，在定性分析中，采用保留值定性，或與其他定性能力強的儀器分析法連用；在定量分析中，采用測量峰面積的歸一化法、內標法或外標法等，但液相色譜在分離復雜組分式樣時，有些組分常不能出峰，因此歸一化法定量受到限制，而內標法定量則被廣泛使用。
